El 8 de marzo de 1956, por medio del acuerdo 13, fue creada la Secretaría Municipal de Educación Pública, con dos objetivos: fomentar las actividades deportivas, de recreación popular y de difusión artística; y velar por el fiel cumplimiento de los deberes educacionales del Municipio y por la realización de una labor de educación complementaria a la de las escuelas públicas.

Después de su creación en 1956, el nombre y estructura administrativa de la
Secretaría de Educación cambió en varios momentos:

• En 1966, por disposición del Concejo de Medellín, se determinó que los asuntos de educación, salud y asistencia social debían concentrarse en un solo ente administrativo; por lo tanto, el Acuerdo 60 del 3 de diciembre, que reestructuró toda la organización del Municipio, creó la Secretaría de Educación, Salud y Asistencia.
• A la División de Educación se le definieron funciones como: colaborar en la formulación de objetivos y políticas que la administración desarrolle en el campo educativo dentro del Municipio; fomentar actividades deportivas y culturales en el Municipio; y efectuar estudios de evaluación sobre los resultados obtenidos en los programas educativos, deportivos y culturares desarrollados por la división.

En 1968, por el Acuerdo n.° 23 del 10 de junio, se complementa el acuerdo 60 de 1966, para denominarse Secretaría de Educación, Salud y Bienestar Social, con el objetivo de prestar a la comunidad los servicios sociales básicos requeridos para la solución de los problemas de educación, salud, protección y rehabilitación. Además, se le adjudicó la administración de la emisora municipal Cultura y Progreso de Medellín.

En 1970 se hizo necesaria una nueva reestructuración para dar más agilidad a procesos operativos: por medio del Acuerdo 25 del 14 de septiembre se creó el Departamento Administrativo de Cultura y Recreación, una dependencia con un nivel jerárquico homologable al de una Secretaría de Despacho; así, se separó la División de Educación de la Secretaría de Educación, Cultura y Recreación. Estos cambios se formalizaron mediante el Acuerdo 4 del 1 de febrero de 1973.

La siguiente reestructuración tuvo lugar en 1993 con la creación de un nuevo instituto descentralizado encargado de atender el deporte y la recreación: el Inder. En consecuencia, el Acuerdo 1259 del 15 de diciembre de 1993 adoptó para la Secretaría el nombre de Secretaría de Educación y Cultura.

Posteriormente, tuvo lugar una nueva reestructuración a partir del Decreto 151 de 2002 con el cual se direccionó el modelo educativo hacia el mejoramiento de la formación moral, social, cultural política, intelectual y física de los medellinenses, para posibilitar el desarrollo de buenos ciudadanos, solidarios frente a la construcción de una sociedad democrática y de plena convivencia; y para crear un servicio educativo de alta calidad y pertinencia social.